Hikaye milattan sonra 1000 yılında milenyum festivali günü başlıyor. Ana karakter Crono’nun arkadaşı Lucca’nın yaptığı icadı görmeye giderken Leene zilinin orada Marle isimli bir kıza çarpıyor ve kolyesini düşürüp geri veriyor. Ardında beraber Lucca’nın yaptığı icadı görmeye gidiyor. İcat bir teleport cihazı. İlk deneyen Crono oluyor. Marle’nin çok hoşuna gidiyor, oda denemek istiyor ve poda atlıyor. Fakat bir şeyler düzgün çalışmıyor Marle ortadan kayboluyor. Ardından Lucca Crono’yu Marle’nin ardından gönderiyor. Ve böylece maceraya başlıyoruz.